Duello con Valentino Rossi
Durante la seconda parte della sua carriera, Biaggi ha avuto un'accesa rivalità con l'altro principale pilota italiano dell'epoca, Valentino Rossi. Il loro rapporto, dentro e fuori la pista, è stato per anni al centro dell'attenzione degli appassionati e della stampa specializzata internazionale, contribuendo non poco a tener viva la popolarità della disciplina. Nei primi tempi, la rivalità Biaggi-Rossi fu caratterizzato da forti scontri, sia verbali che durante lo svolgimento delle gare, con comportamenti anche piuttosto duri da parte dei due piloti. Negli ultimi anni della loro coesistenza in pista, tuttavia, questi dissidi hanno finito per affievolirsi sempre più, tanto che, dopo il ritiro agonistico di Biaggi, entrambi si sono lasciati alle spalle gli attriti del passato rendendosi protagonisti di una certa distensione nei confronti del rispettivo rivale.