A seguito dell'ondata di arresti ordinati dal sostituto procuratore di Padova Pietro Calogero il 7 aprile 1979 per quelli che erano considerati i presunti capi delle organizzazioni sovversive, soprattutto di Potere Operaio (tra gli altri Toni Negri, Franco Piperno, Oreste Scalzone), Balestrini evitò il carcere rifugiandosi in Francia. Balestrini ha raccontato in un'intervista nel 2012: «Evitai l'arresto rifugiandomi in Francia, dove rimasi per cinque anni. E poi venni completamente assolto da quelle accuse. A me, come per altri intellettuali, l'accusa fu di essere responsabile diretto di tutto quello che di violento si era scatenato fino a quel momento e comprendeva anche l'assassinio di Aldo Moro. La verità è che la sola cosa che trovarono era il mio nome nell'agenda telefonica di Toni Negri, di cui ero amico» .
Balestrini è anche l'autore del saggio «L'orda d'oro (1968-1977.
La grande ondata rivoluzionaria e creativa, politica ed esistenziale)», scritto in collaborazione con Primo Moroni (Sugarco, 1988), ristampato successivamente da Feltrinelli e ampliato a cura di Sergio Bianchi, con contributi, tra gli altri, di Umberto Eco, Toni Negri e Rossana Rossanda. È stato per molti anni l'unico saggio sul movimento del '77 (e uno dei pochi sul movimento del '68) disponibile al pubblico non specialistico, e corredato di ampia documentazione e bibliografia. Nel 1971, ricordano le cronache, Balestrini fu tra gli intellettuali che sottoscrisse la lettera aperta a L'Espresso contro il commissario Luigi Calabresi per la morte di Pino Pinelli, fermato per la strage di piazza Fontana. All'opera letteraria ha affiancato la sua produzione visiva con allestimenti di mostre e performance in Italia (nel 1993 anche alla Biennale di Venezia) e all'estero.
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