Da Mediaset alla Rai
La Perego lascia Mediaset debuttando in Rai, con il programma "Se… A Casa di Paola". Torna ancora nel 2012 in tv con la seconda edizione di "Attenti a Quei Due – La Sfida". È dunque accanto a Franco di Mare a "La Vita in Diretta" e "Italia In Diretta", esperienza che termina nel 2014. Nel 2015 è la presentatrice di "Domenica In" con Pino Insegno e, nello stesso periodo, è alla guida con Al Bano Carrisi di "Così Lontani". Torna ancora a "Domenica In" ed è alla guida di "Così Lontani Così Vicini", dopodiché conduce "Il Dono" su Rai1. Il 2016 la vede protagonista dello show "Parliamone", quindi torna nel 2018 con "Superbrain – Le Supermenti" e "Non Disturbare". Esordisce anche su Rai Radio2, con "Al Posto del Cuore". Del 2020-2021 è l’esperienza di "Il Filo Rosso". A settembre 2021 conduce lo speciale "Senato & Cultura – Musica sacra", quindi è padrona di casa, con Simona Ventura, a "Citofonare Rai2". Conduce nella nuova stagione anche alcuni speciali, quindi rinnova per la stagione 2022/2023 gli appuntamenti domenicali con "Citofonare Rai2". A dicembre 2022 conduce la maratona tv Telethon, mentre nell'ottobre del 2023 inizia la sua avventura come concorrente a "Ballando con le stelle". Su questa nuova esperienza, la conduttrice ha detto: «Ballando è un regalo che mi faccio, per celebrare quel “qui e ora” che mi sono anche tatuata sul braccio. Oggi vivo nel presente. E mi posso permettere di giocare con questo show: ci metto tutto il mio impegno, ma non devo dimostrare di essere una ballerina. Posso solo migliorare».