Sindaco di Bari

Alle elezioni amministrative del 12 e 13 giugno 2004 Emiliano viene eletto, a sorpresa, sindaco di Bari al primo turno, sostenuto dalla coalizione di centro-sinistra, battendo il candidato del centro-destra, Luigi Lobuono, con il 53,8% dei consensi. La sua lista civica, la Lista Emiliano per Bari, ottiene una notevole affermazione e il maggior numero di eletti in consiglio comunale. Dal gennaio 2005 è nominato delegato dell'Associazione Nazionale Comuni Italiani (ANCI) per le politiche per il Mezzogiorno e, dal 29 marzo 2007, coordinatore dei sindaci delle città metropolitane. Da aprile 2007 è, inoltre, presidente del Consorzio per l'area di sviluppo industriale di Bari.