Procedimenti giudiziari

Il 16 ottobre 2019 viene resa nota la sua iscrizione nel registro degli indagati da parte della Procura di Foggia. Al governatore pugliese viene contestato il fatto di aver ricevuto pressioni da un consigliere regionale per una nomina riguardante una Asp (Azienda per i Servizi alla Persona). Con lui è indagato anche Salvatore Ruggeri, assessore regionale al Welfare. Il procedimento è stato poi archiviato nei confronti di Emiliano e Ruggieri perché il fatto non sussiste su richiesta della stessa procura di Foggia che l'aveva accusato.