Moglie, figli, vita privata

Nel 1966 Hopkins sposa l'attrice inglese Petronella Barker, che lo rende padre per la prima e unica volta, con la nascita di Abigail Hopkins nel 1968. Nel 1972 la coppia divorzia. Si risposa nel 1973 con l'assistente di produzione Jennifer Lynton, da cui si separa nel 2002. L'anno successivo, nel 2003, si sposa per la terza volta con Stella Arroyave, attrice e produttrice colombiana, oggi 67enne. I due vivono insieme a Malibù, in California.