Scontri con Renzi
Inizialmente tra Michele Emiliano e Matteo Renzi scorreva buon sangue. Dopo la nomina del 2015 da Presidente della Regione Puglia, inizierà a criticare pubblicamente il suo leader di partito, attuando anche politiche regionali contro. La rottura definitiva tra i due si raggiungerà in corrispondenza del referendum sulle concessioni per l'estrazione di idrocarburi in zone di mare promosso, sostenuto da Emiliano e osteggiato da Renzi. Durante la campagna Emiliano ha più volte accusato il Governo di aver introdotto la norma in questione unicamente come favore alle aziende petrolifere e Renzi ha invece accusato il governatore di aver promosso il referendum solo a fini personali.
Emiliano entra nuovamente in contrasto con Renzi negli ultimi giorni del suo governo per il mancato stanziamento nella legge di bilancio di circa 50 milioni di euro destinati alla sanità tarantina per far fronte all'aumento di patologie dovuto all'inquinamento ambientale derivante dagli impianti dell'Ilva.