Les complots et conspirations dans l'ombre de la coupole n'ont jamais manqué, et le règne de François ne fait pas exception. Au contraire, lui-même, dès le début de son pontificat - peut-être pressentant qu'il y avait des poches de forte résistance à sa vision d'une Église à réformer - a commencé à en parler publiquement, presque comme s'il voulait le dénoncer. À ce jour, il y a des dizaines d'épisodes dans lesquels il a fait comprendre que les corbeaux n'ont jamais cessé de tournoyer autour du Palais Apostolique et certainement pour lui mettre des bâtons dans les roues, rendant son chemin programmé plus complexe. Juste après l'opération du côlon, par exemple, lorsqu'il a été soumis à une intervention délicate de cinq heures et qu'un long morceau d'intestin lui a été retiré, il a rapporté que pendant ce moment délicat, il y avait des gens qui voulaient sa mort et avaient même commencé à manœuvrer en imaginant un conclave imminent. Heureusement, la fibre de François est bonne, il s'est rapidement rétabli, mais l'idée d'avoir toujours affaire à un environnement où les manœuvres de cour et les conspirations étaient, selon lui, juste au coin de la rue, a rendu le climat dans le petit État pontifical particulièrement lourd.

L'un des blogs les mieux informés, Messa in Latino, de tendance conservatrice, est allé jusqu'à décrire une ambiance générale «à la Corée du Nord». Certainement excessif et paradoxal l'exemple même si la situation, selon ce qui est narré, doit être devenue au fil des années de plus en plus policière. «Avec des employés effrayés rien qu'à l'idée de parler entre eux». Et encore : il y a de plus en plus de fonctionnaires du Vatican qui ont désormais «un double téléphone portable et dans les saints palais, on fait très attention à l'utilisation des mails, de Whatsapp, de Telegram et au contenu des conversations téléphoniques privées». La narration précise que ce genre de contrôles serait également effectué à Santa Marta, l'hôtel du Vatican où vit le pape François. Puisque les nouvelles dans le petit État du Vatican circulent plus vite qu'ailleurs, personne n'a manqué un curieux épisode lié à la réduction d'une haute charge du Vicariat. Le prélat a été déplacé en raison de certaines confidences que sa servante aurait rapportées directement à Bergoglio lors d'une audience.

Naturellement, au cours de ces années au Vatican, des enquêtes et vérifications administratives ont également été menées et de nouvelles normes ont été introduites, justement pour essayer d'atteindre un bon niveau de transparence. Les gendarmes ont ensuite saisi divers matériaux en recourant également à des systèmes jamais vus auparavant comme, par exemple, la perquisition effectuée par les gendarmes dans le Palais Apostolique devant les Gardes Suisses stupéfaits, puisqu'à ce moment-là, un interdit séculaire allait être brisé pour toujours. La sécurité du palais, en effet, n'aurait pas dû incomber à la gendarmerie mais au petit armée suisse au service du Pape depuis les temps de Jules II. Entre-temps, des caméras étaient également installées progressivement dans différents environnements à l'intérieur du Vatican, même dans des zones qui en étaient auparavant dépourvues, comme la Fabbrica di San Pietro. La tendance progressive au contrôle interne semble être totale et a été menée avec l'approbation papale déjà du temps de l'ancien commandant de la Gendarmerie, ensuite écarté par le pape François sans trop de compliments dans des circonstances encore peu claires en 2019.