Nel 1811 venne designato da Napoleone stesso quale sub-decano del Sacro Collegio dei Cardinali e venne inviato a Savona ove Pio VII era tenuto in prigionìa, per richiedere a lui l'approvazione delle decisioni prese dal consiglio nazionale a Parigi. Nel 1813 venne incaricato, sempre da Napoleone, di negoziare il Concordato di Fontainbleau. A questo punto Giuseppe Maria Doria Pamphilj optò per la sede suburbicaria di Porto-Santa Rufina dal 26 settembre 1814, mantenendo sempre il titolo di Santa Cecila in commendam. Venne contestualmente riconosciuto ufficialmente quale sub-decano del Sacro Collegio dei Cardinali.
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