Da tempo i maggiori musei al mondo, soprattutto quelli che contengono opere di arte etnografica, da tempo si interrogano se e quando restituire i manufatti di epoca coloniale trafugata o spesso regalata mediante rapporti di forza che oggi richiederebbero degli approfondimenti. Anche in Vaticano in questi anni sono arrivate diverse richieste da parte di governi che hanno messo l'accento sulla restituzione di opere. Il Messico, per esempio, ha chiesto formalmente di rientrare in possesso di antichi manoscritti indigeni conservati nella Biblioteca Vaticana. In Canada i popoli nativi si sono posti la questione di alcune opere che fanno parte della collezione del museo Anima Mundi. I rappresentanti metis e inuit hanno dichiarato di volerli riavere anche per studiarli meglio. Naturalmente il Vaticano non è insensibile a questa corrente risarcitoria. Negli anni passati, per esempio, il Papa ha riportato in Perù due antiche mummie precolombiane, recentemente ha restituito alla Grecia alcuni frammenti che facevano parte del Partenone e ha rimandato in Ecuador una testa umana imbalsamata che faceva parte della collezione etnografica.
L'agenzia di stampa americana Associated Press ha rilevato come il direttore del museo Anima Mundi, padre Nicola Mappelli, si sia rifiutato di commentare le richieste di restituzione del patrimonio etnografico affermando che si tratta di questioni di competenza della direzione del museo.
La questione della collezione etnografica d'Oltretevere è da tempo sotto i riflettori, da quando gruppi di indigeni canadesi si sono recati in Vaticano per ricevere le scuse di Papa Francesco per il sistema delle scuole residenziali cattoliche in cui venivano allontanati con la forza i bambini indigeni dalle loro famiglie, nel tentativo di assimilarli alla società cristiana canadese: praticamente un "genocidio culturale".
Vaticano, tre mummie andine esposte ai Musei tornano in patria: restituite al Perù
Il Vaticano naturalmente insiste sul fatto che la base della sua collezione etnografica deriva dai "doni" fatti a Papa Pio XI, il quale nel 1925 allestì un'enorme mostra nei giardini vaticani per celebrare la globalità della Chiesa, la quantità di missionari coinvolti nell'opera di evangelizzazione e i benefici per le popolazioni indigene. In quel contesto i missionari cattolici inviarono al Pio XI centinaia di manufatti. Oggi però non pochi ricercatori si chiedono se le popolazioni indigene fossero davvero in grado di acconsentire a tali regali date le dinamiche di potere dell'epoca.