Nella stagione 1986-87, malgrado una precaria condizione economica, il Frosinone ottenne la sua prima promozione in Serie C1 conquistando il primo posto in classifica con 47 punti.
Nell'estate del 1990, il Frosinone venne radiato dalla FIGC. Quando pareva inevitabile ripartire dalla Promozione, la nuova società, appena rifondata, venne inserita, in extremis, in Interregionale, dove rimane per 4 anni. Nel 1993-94, dopo un campionato dominato quasi per intero, il ritorno tra i professionisti. Seguirono stagioni mediocri e per tre anni consecutivi la squadra fu costretta giocarsi la salvezza ai play out.
Risale alla stagione 2005-2006 la storica promozione in B. La squadra arriva seconda in classifica e sbarca nella serie cadetta, in cui rimane per cinque stagioni, salvo la nuova retrocessione nel campionato 2010-2011.
Nel campionato 2013-2014 il Frosinone è una delle squadre protagoniste del girone B del campionato di Lega Pro Prima Divisione ed ottiene così la seconda promozione in Serie B della sua storia e il ritorno nella serie cadetta a tre anni di distanza dall'ultima partecipazione.