Entrò nella Compagnia di Gesù nel 1941. Dopo gli studi religiosi e accademici in Belgio, partì alla volta dell'India nel 1948. Nel 1984, dopo 36 anni trascorsi in India, Dupuis fu chiamato ad insegnare Teologia e Religioni non-cristiane all’Università Gregoriana di Roma.
Il suo libro Jesus-Christ à la rencontre des religions (1989) ha conseguito un grande successo e in breve è stato tradotto in Italiano, Inglese e Spagnolo. Fu nominato direttore della rivista Gregorianum ed anche consultore del “Pontificio Consiglio per il Dialogo interreligioso”.
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