Nel 1997 Van der Bellen ha preso in mano le redini del partito, restandone per quasi undici anni il leader. Sotto la sua guida il partito si è liberato, almeno in parte, dalla fama di essere la vera sinistra austriaca, più rosso che verde. Con la sua dialettica raffinata il professore-politico, che raramente alza la voce, ha conquistato consensi anche in ambito borghese, sopratutto tra i giovani nei grandi centri urbani. Nel 2012, dopo 18 anni di presenza ininterrotta nel parlamento austriaco, ha lasciato il Nationalrat per passare al consiglio comunale di Vienna, dove è rimasto fino al 2015. Poche settimane prima di candidarsi, Van der Bellen ha sposato in seconde nozze la sua compagna di lunga data, la parlamentare verde Doris Schmidauer. La partecipazione alle elezioni presidenziali di Van der Bellen è stata considerata all'inizio una candidatura di bandiera, anche se da simpatizzanti dei due partiti di governo è stato definito il «candidato giusto nel partito sbagliato».
Dopo la debacle di Spo e Ovp al primo turno, è diventato per loro il «candidato presentabile», l'unico a poter salvare l'Austria da un possibile isolamento in caso di vittoria dello xenofobo Hofer.
Van der Bellen non ha ricevuto il sostegno ufficiale dei due partiti, ma numerosi rappresentanti di spicco socialdemocratici e popolari si sono espressi a suo favore. Il professore, sempre meno verde e sempre più multicolore e soprattutto europeista convinto, è riuscito così non solo a rimontare ma anche a vincere. Facendo tirare un sospiro di sollievo a Bruxelles e non solo.
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