Il 18 settembre si ammalò di malaria che lo portò poi alla morte poco prima della mezzanotte del 27 settembre dello stesso anno della sua elezione, prima ancora di essere stato solennemente incoronato. Data la sua improvvisa morte, gli venne ricavata una tomba nella basilica di San Pietro in Vaticano, con un'orazione funebre tenuta da Pompeo Ugonio. Il 21 settembre 1606 le sue spoglie vennero trasferite nella chiesa romana di Santa Maria sopra Minerva.
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